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Formation Rmarkdown – Rapports automatisés sous R


Objectifs

Produire, de façon automatisée, des documents de travail contenant du texte, du code R, et les sorties de ces codes R, tout en s’inscrivant dans une démarche de travail reproductible. Les documents pourront être générés en format HTML, Word ou PDF.

Public

Toute personne souhaitant tirer profit des possibilités d'automatisation du format de script Rmarkdown

Pré-requis

Pour suivre ce stage dans de bonnes conditions, il est recommandé d'avoir suivi en amont la formation R – Prise en main, analyses statistiques et graphiques

Programme

- Introduction à Rmarkdown
  • Programmation lettrée
  • Crise de la reproductibilité
  • Principe de R markdown

- Script Rmarkdown
  • Structure : en-tête, texte, chunk
  • Formats de sortie : HTML, Word, PDF
  • Premier rapport dynamique : bouton knit

- Gestion des éléments de texte
  • Formatage : gras, italique, insertion de ligne
  • Les listes : numérotées, non numérotées
  • Les titres et leur numérotation
  • La table des matières
  • Exercices

- Insertion d’éléments
  • Les images
  • Les tables
  • Les liens hypertexte
  • Les notes de bas de page
  • Les équations
  • Les références bibliographiques
  • Exercices

- Gestion du code R
  • Options d’affichage du code
  • Options d’affichage des sorties
  • Les graphiques
  • Les tables de données
  • Les options par défaut
  • Exercices

- Amélioration des rendus simples
  • Ajouter un modèle Word
  • Options pour le pdf
  • Les modèles html
  • Exercices

- Paramétrisation des scripts rmd (rapports répétés)
  • Principe
  • Exemples
  • Exercices

- Réalisation de documents contenant plusieurs chapitres
  • Principe du package bookdown
  • Les différents fichiers nécessaires
  • Compilation des chapitres
  • Les différents formats de sortie
  • Debuggage
  • Déploiement du document html sur bookdown.org
  • Mise en application